Erinnern Sie sich noch an die EHEC-Pandemie im Sommer 2011? Eine Zeit, in der niemand mehr Salatsprossen essen wollte und es in den Kantinen und Mensen keinen Gurkensalat gab? EHEC (Enterohämorrhagische Escherichia coli) und HUS (hämolytisch-urämisches Syndrom) waren bis zum Herbst 2011 in aller Munde. Insgesamt wurden im Jahr 2011 855 Erkrankungen an HUS und 2.987 Fälle von akuter Gastroenteritis gemeldet, 18 EHEC- und 35 HUS-Patienten verstarben. Nur wenige Wochen nach den ersten Krankheitsfällen wurde das Erbgut des verursachenden Erregers, der Variante O104:H4 des Darmbakteriums Escherichia coli, analysiert und es konnten diagnostische Methoden entwickelt werden. Diese Pandemie ist ein Paradebeispiel für die Leistungsfähigkeit der Biotechnologie, insbesondere für das Zusammenspiel von experimenteller und computergestützter Biologie (experimental and computational biology): die Krankheitserreger wurden mit experimentellen Methoden isoliert, angereichert und sequenziert und deren Erbgut schließlich am Computer analysiert. Studenten des Bachelorstudiengangs Biotechnologie/Bioinformatik und des Masterstudiengangs Molekularbiologie/Bioinformatik hätten an der Suche nach den Erregern teilnehmen können, denn in beiden Studiengängen wird die Einheit von experimenteller und computergestützter Biologie gelehrt.
Neues Lehrbuch ...
Im Februar 2013 ist die zweite Auflage des Lehrbuches "Computational Biology" von Professor Röbbe Wünschiers (FG Biotechnologie, Hochschule Mittweida) im Springer Verlag erschienen - und ein Kapitel widmet sich der Pandemie von 2011. Grundsätzlich richtet sich das Buch an alle Lebenswissenschaftler die den Umgang mit, sowie die Analyse und Visualisierung von großen Datenmengen lernen möchten. Neben einer Einführung in Linux und die Programmierung mit AWK und Perl werden auch das Datenbanksystem MySQL und die Datenanalyse- und Visualisierungssoftware R vorgestellt. Abschließend wird an ausgearbeiteten Fallbeispielen gezeigt, wie der Computer bei der Analyse biologischer Daten helfen kann.
... written in a lively and engaging style
Im Vorwort schreibt der Leiter des Max-Planck Instituts für Evolutionsbiologie Professor Diethard Tautz: "I am convinced that this book should be the required reading for every molecular biologist. It will of course be particularly helpful for those dealing with genomics data, but even if genomics is currently not on your experimental agenda, handling large datasets and doing proper statistics is a basic qualification that cannot be underestimated in our discipline today."
Einer der Entwickler der Programmiersprache AWK, Professor Alfred V. Aho von der Columbia Universität in New York bemerkt: "There are many things I liked about this book. First, the material on Unix/Linux is presented in a no-nonsense manner that would be familiar and appealing to any Unix/ Linux programmer. It's clear the author has internalized the powerful Unix/Linux building-block approach to problem solving. Second, the book is written in a lively and engaging style. It is not a turgid user manual. Finally, throughout the book the author admonishes the reader to write programs continuously as he or she reads the material. This cannot be overemphasized – it is well known that the only way to learn how to program effectively is by writing and running programs."
[Wünschiers (2013) Computational Biology - A Practical Introduction to BioData Processing and Analysis with Linux, MySQL, and R. Springer Verlag, ISBN 978-3-642-34748-1, 449 p. 80 illus., 66 in color]